Sean Ferguson est né dans la communauté isolée de Fort Vermilion, dans le nord de l'Alberta. Il vit à Montréal depuis 1990, où il a étudié la composition à l'Université McGill. Sa fascination pour la mécanique de la perception l'a amené à mener des recherches approfondies en psychoacoustique et à intégrer ces découvertes dans son langage compositionnel. Les exigences informatiques de ces modèles psychoacoustiques ont également suscité son intérêt pour la composition assistée par ordinateur.

Sean Ferguson enseigne la composition et codirige les studios de composition numérique de l'Université McGill. Il a été doyen de l'École de musique Schulich de 2011 à 2016, directeur du Centre de recherche interdisciplinaire sur les médias et technologies musicales (CIRMMT) de 2009 à 2011 et directeur associé (artistique) du CIRMMT de 2006 à 2009. De 1997 à 2001, il a été conseiller de la Société québécoise de recherche en musique, pour laquelle il a été le coordonnateur artistique de trois festivals différents d'une semaine de musique québécoise. De 1999 à 2009, il a été membre du comité artistique de la Société de musique contemporaine du Québec.

Ses œuvres incluent Inside Passage pour piano et grand ensemble (1999), Marées-Strates-Envolée pour piano solo (1994-99), Apocryphal Graffiti pour orchestre de chambre (2000), Heiligenstadt pour orchestre à cordes (2001), Corranach pour flûte, violoncelle. et piano (2002), In the Flesh, pour grand orchestre (2003), Éan agus madraí/Birds & Dogs, pour ensemble et électronique live (2010), Les Gestes pour violon, violoncelle, deux danseurs et électronique live avec de nouveaux contrôleurs gestuels , avec Marlon Schumacher (2013), Bean Dubh A' Ghleanna, pour flûte baroque et électronique live (2019), Wandering Aengus, pour flûte, violon, violoncelle et piano (2019), et Fataí Bána, Carraig Dubh, pour tuyaux Uilleann et électronique en direct (2020).

Les ensembles qui ont interprété sa musique comprennent, entre autres, l'Orchestre Philharmonique de Radio-France, l'Orchestre Symphonique de Montréal, la Société de musique contemporaine du Québec, Les Temps modernes de Lyon, I Musici de Montréal et l'Ensemble contemporain de Montréal.